Marie-Eve Paquet dirige le groupe de vecteurs viraux de la Plateforme canadienne de neurophotonique, localisé au Centre de recherche sur le cerveau du CERVO.

Son groupe fournit à la communauté du CERVO et aux chercheurs québécois et canadiens des services dans les domaines des technologies de transfert de gènes, de la biologie moléculaire et des vecteurs viraux. Ils ont une grande expertise dans l’optimisation des cassettes d’AAV ainsi que dans la production et la purification de différents sérotypes d’AAV. Ses intérêts de recherche comprennent l'identification des sérotypes AAV à partir de sources environnementales, la caractérisation des AAV et le développement de méthodes pour la production d'AAV et le contrôle de qualité. Grâce à la fonderie d'optogénétique et de vectorologie financée par Brain Canada, son laboratoire travaille sur l'optimisation de l'optogénétique et des outils viraux pour une utilisation in vivo dans divers systèmes modèles.

Elle participe également à un projet multidisciplinaire visant à comprendre le lien entre le microbiote intestinal et le développement du cerveau dans le modèle du poisson zèbre. Plus spécifiquement, elle développe des outils permettant de visualiser les différentes bactéries qui colonisent l'intestin ainsi que des outils photosensibles pour modifier ce microbiote. Elle s'intéresse également au développement de modèles génétiques du poisson-zèbre afin de comprendre l'effet des toxines environnementales sur le microbiote intestinal, le système nerveux et le système immunitaire.