Logiciel

Module R Spmlficmcm

Auteurs: Moliere NGUILE-MAKAO et Alexandre BUREAU

Le module SPmlficmcm implante la méthode d'estimation par maximum de vraisemblance semi-paramétrique publiée par Chen et al. (2012) pour l'analyse des effets d'interaction impliquant des variants génétiques et des expositions environnementales sur le risque de problèmes de santé périnataux. La fonction principale du module construit le système non-linéaire d'équations à partir de la base de données, utilise la fonction nleqsv pour résoudre ce système non-linéaire, et estime les coefficients et les erreurs-types à partir du log de la vraisemblance profilée en appliquant une méthode à un pas (one-step). La modélisation postule que la distribution des génotypes maternel et fétaux satisfont les hypothèses suivantes: formation aléatoire des couples, équilibre de Hardy-Weinberg et hérédité mendélienne. Le module permet aussi de traiter les génotypes manquants chez les rejetons. La documentation est disponible en anglais seulement.

Exécutable Windows : SPmlficmcm_1.0.zip

Code source du module : SPmlficmcm_1.0.tar.gz

Module R RVsharing

Auteurs: Alexandre BUREAU, Ingo RUCZINSKI et Samuel YOUNKIN

Ce module R calcule la probabilité qu'un variant rare soit partagé par des sujets apparentés, sachant que le variant a été observé chez au moins un d'entre. Ces probabilités sont utiles pour l'analyse des données de séquençage génomique de sujets apparentés. Lorsque les apparentés sont atteints d'une maladie, ces probabilités sont en fait calculées sous l'hypothèse nulle d'absence de liaison et d'association génétique du variant à la maladie. Ces probabilités permettent de quantifier à quel point le partage d'un variant rare est peu probable sous l'hypothèse nulle et constituent donc un seuil observé (valeur p) d'un test de cette hypothèse nulle. Le module comprend une fonction pour le calcul exact de ces probabilités dans des familles étendues sans consanguinité et des fonctions pour une approximation par simulation Monte Carlo dans les familles consanguines et lorsque les fondateurs de la famille sont soupçonnés d'être apparentés. Les fonctions de simulation permettent aussi d'évaluer la sensibilité des probabilités estimées à des fréquences non nulles du variant dans la population, qui rendent possible l'entrée de plus d'une copie du variant chez les fondateurs de la famille. La documentation est disponible en anglais seulement.

Exécutable Windows : RVsharing_1.0.2.zip

Code source du module : RVsharing_1.0.2.tar.gz

Module R LCAextend

Auteurs: Arafat TAYEB , Alexandre BUREAU et Aurélie LABBE

Ce module R exécute une analyse de classes latentes de mesures phénotypiques dans des familles multigénérationnelles et sélectionne un modèle à l'aide soit d'une validation croisée avec le critère de la vraisemblance, soit du critère d'information bayésien. Il calcule aussi les poids par classe pour les individus et pour les triplets enfants-parents dans une famille multigénérationnelle avec un algorithme ascendant-descendant. La dépendance familiale définie par la structure familiale est prise en compte en permettant que la classe d'un enfant dépende de celles de ses parents via des probabilités de transition de classes dans les triplets. Le module s'applique aussi bien au cas où les mesures phénotypiques sont disponibles chez tous les sujets qu'au cas où les mesures ne sont disponibles que chez les sujets symptomatiques (atteints d'une maladie). Des distributions pour des données discrètes (ou ordinales) et continues sont présentements implantées. Le module gère les données manquantes. La documentation est disponible en anglais seulement.

Exécutable Windows : LCAextend_1.2.zip

Code source du module : LCAextend_1.2.tar.gz

Module R addrisk

Ce module R regroupe diverses fonctions pour estimer des modèles additifs du risque et, avec certaines fonctions, d'autres types de modèle du risque d'une issue dichotomique. Il inclue des fonctions applicables à des études de cohorte prospectives ou transversales, des fonctions conçues spécifiquement pour des échantillons cas-témoins nichés dans une cohorte et des fonctions pour des plan d'échantillonnage quelconques à l'intérieur de cohortes. Ces derniers sont limités à une seule variable mesurée uniquement dans l'échantillon, qui doit être catégorielle avec peu de niveaux. La documentation est disponible en anglais seulement.

Exécutable Windows: addrisk_1.2.zip

Code source du module : addrisk_1.2.tar.gz

Module HMM pour S-Plus/R

Bibliothèque de fonctions S-Plus/R pour ajuster des modèles de chaînes de Markov cachées (Hidden Markov models ou HMM) en S-Plus ou R. Basé sur un programme FORTRAN écrit par James P. Hughes. Ce n'est qu'une version beta. Instructions en anglais seulement.
S-Plus: module et les instructions d'installation.
R: module.

Plasmin

Un logiciel que j'ai développé pour appliquer la simulation MCMC à l'analyse de liaison génétique multilocus sur des familles étendues. Celui-ce aussi en est à la version beta. Instructions en anglais seulement.
Importer Plasmin

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Dernière mise à jour 2013/10/25.